Repêché en Méditerranée, Jason Bourne est en mauvais état. Portant des traces de balles dans le dos, cet homme à l'identité inconnue a miraculeusement survécu. S'il ne se souvient plus de son nom, il a également oublié les raisons pour lesquelles on a tenté de le tuer.Il découvre bientôt sous sa peau un microfilm et des atouts physiques hors du commun. Dans une banque suisse, il trouve dans un coffre-fort une mallette contenant plusieurs milliers de dollars, un revolver, un passeport au nom de Jason Bourne et six autres documents d'identité de diverses nationalités.Entre la Suisse et la France, il est poursuivi par les tueurs d'une mystérieuse organisation.